Actualmente, el alcalde de Santander es Íñigo de la Serna, del Partido Popular, quien ocupa el cargo desde junio de 2007. Los partidos políticos más relevantes en el ámbito local, además del PP, son el Partido Socialista Obrero Español, cuya actual portavoz en el pleno es Jesús Cabezón Alonso, y el Partido Regionalista de Cantabria con Rafael de la Sierra González. A lo largo de su historia, los partidos políticos más influyentes han sido los del ala derecha ideológica, sobre todo, el PP.

El Ayuntamiento de Santander se estructura en diferentes áreas: de hacienda, patrimonio y seguridad ciudadana; de urbanismo; de función pública, régimen interior y cultura; de desarrollo económico, formación y empleo; social, participación ciudadana y drogodependencias; de acción ciudadana; y de gestión de las empresas municipales. El ayuntamiento celebra plenos ordinarios cada mes, aunque con frecuencia se celebran plenos extraordinarios, con el fin de debatir temas y problemas que afectan al municipio.

La junta de gobierno, presidida por el alcalde, está compuesta actualmente por los 15 concejales del PP. La corporación municipal está formada por 27 miembros, 15 del PP, 7 del PSC-PSOE y 5 del PRC. Las siguientes tablas muestran los resultados de las elecciones municipales celebradas en el año 2003 y 2007.